Le Temps: Ученые вычислили дату перехода коронавируса от животных к человеку
"Откуда взялся вирус SARS-CoV-2? Когда он появился? Как он дошел до нас? Секреты нового коронавируса кроются в его геноме, который еще предстоит определить. С этой целью ученые сравнивают генетические последовательности вирусов, взятых у пациентов с Covid-19, в поисках крошечных изменений, которые позволят им восстановить генеалогическое древо вируса, используя мощные компьютерные инструменты", – пишет швейцарская газета Le Temps.
"Такая область исследований, филогенетика, является специальностью швейцарского исследователя Франсуа Баллу. Директор Института генетики в Университетском колледже Лондона только что опубликовал в журнале Infection, Genetics and Evolution исследование, в котором содержится сравнение более 7000 генетических последовательностей нового коронавируса, собранных по всему миру", – говорится в статье, перевод которой выложен на сайте InoPressa.
"Мутации представляют собой ошибки, которые происходят случайно, когда вирусы копируют свой геном. Они случаются более или менее часто в зависимости от организмов. SARS-CoV-2 имеет довольно стандартную частоту мутаций для РНК-содержащих вирусов, например, ниже, чем у ВИЧ или гриппа. Со времени появления этой болезни у человека, в вирусе накопилось мало изменений. Мы сравнили вирусы, собранные на ранних стадиях пандемии, с другими, более поздними. Вирус, собранный сегодня, находится, в среднем, на расстоянии около десяти мутаций от общего предка, то есть вируса, который первоначально попал в человеческую популяцию из резервуарного животного. Это говорит в пользу гипотезы относительно недавнего общего предка", – указывает Франсуа Баллу в интервью Le Temps.
"Чем больше мы продвигаемся во времени, тем больше вирусов накапливают мутации по сравнению с генетической последовательностью их общего предка. Когда мы узнаем, насколько часто происходят эти мутации, мы можем вернуться назад и рассчитать, за какое время они появились. Таким образом, филогенетическое древо вируса постепенно восстанавливается, причем общий предок на уровне корней и все его потомки размещаются на ветвях, длина которых пропорциональна количеству накопленных ими мутаций. Используя эту технику, мы вычислили дату перехода вируса от животных к человеку, это произошло примерно в октябре или ноябре 2019 года, что соответствует и другим оценкам. Это также согласуется с датой первого случая заболевания человека, выявленного 17 ноября в Китае. С другой стороны, наше исследование лишает законной силы определенные спекуляции, согласно которым новый коронавирус циркулировал намного раньше, не будучи обнаруженным", – поясняет эксперт.
"Нет сомнений, что новый коронавирус пришел из Китая. Все ранние образцы SARS-CoV-2 являются китайскими. Генетические исследования ясно показывают, что вирусы, собранные в других частях света, происходят от этих первых вирусов из Китая", – продолжает ученый.
"В большинстве стран, по которым у нас достаточно данных, в частности, в Соединенных Штатах, Великобритании и Исландии, мы обнаруживаем, что генетическое разнообразие вирусов повторяет их разнообразие на глобальном уровне. В то время как в Китае присутствует только часть этого глобального разнообразия. Такие наблюдения позволяют предположить, что каждая локальная эпидемия была вызвана большим количеством независимых случаев заражения вирусом, вероятно, в самом начале пандемии, через несколько недель после ее начала в Китае.
При подобных обстоятельствах неудивительно, что французский пациент заразился Covid-19 уже в декабре, как недавно было обнаружено врачом, который повторно проанализировал образцы от одного из своих бывших пациентов. По нашей оценке, в одной только Исландии было зарегистрировано от 50 до 60 различных проникновений нового коронавируса: следовательно, существует множество "нулевых пациентов", и нет смысла искать виновных!" – считает собеседник издания.
